古代军队中，相当于司令部的幕僚机构已有之，但真正具有近代乃至现代意义的司令部在中国的出现，是自清末小站编练新军开始的。在这之前的湘、淮军和八旗、绿营、巡防营等，都是以营为基本单位。其军队幕僚机构，仍旧没有摆脱以往的样式。从1895年袁世凯小站练兵开始到1904年，一个全新的军队编制体制得以诞生，具有现代意义的司令部，才与新的编制一起相伴而出。

袁世凯所练新军与以往湘军、淮军不同，它是完全仿照西方军队的编制体制，由步、骑、炮、工、辎等多个兵种协同作战的合成军队，这与之前的军队主要以营为基本单位、兵种单一以及作战方法简单的情况相比，军队编制增大了，合成程度提高了，兵器有了发展，战术有了变化，指挥难度也随之加大了，单靠指挥官一人加上少数幕僚用简单的方法实施有效的指挥已经不可能。因此，在指挥体制上，也有了一次大的飞跃，那就是在部队各级设置了专司指挥的业务机关──司令部门。

新建陆军在组织编制上仿照西方做法，而“司令部”在西方军队是一个非常重要的机构，是现代军队不可或缺的。新建陆军在机构上设置了九大处（局），依次是：稽查全军参谋军务营务处（简称参谋营务处，就是现代军队的司令部）、执法营务处、督操营务处、教习处（洋务局）、粮饷局、军械局、军医局、转运局、侦探局（作战时另设）。排在第一位的是参谋营务处，即是现代军队中的司令部职能，新建陆军参谋营务处也就成为中国军队近代历史上第一个正规化的陆军司令部，任总办的徐世昌也就成为中国军队史上第一任陆军参谋长。

徐世昌由于学识渊博和与袁世凯的特殊关系，被任命为新建陆军参谋营务处总办，徐世昌也就成为了小站练兵的第二号铁腕人物和军师。徐世昌于1897年8月来到小站，他没有辜负袁世凯的希望，全心尽力辅佐袁世凯练兵。徐世昌每天除了完成考阅各随营学堂文卷、考核兵目操法、校订行军阵式图说、改定讲训各兵官功课这些工作外，还要处理新建陆军在练兵中出现的问题。为了应付西法练兵带来的困难，他还开始自学英语。1898年完成《新建陆军兵略录存》编撰，1899年还参与组织《训练操法祥晰图说》这部军事巨著。由于他的学识和才能，受到同僚们的尊敬，张勋还正式拜他为老师。王士珍、冯国璋、段祺瑞号为北洋“三杰”，他们既要带兵又要管训练，还分别兼任随军讲武堂、炮队学堂、步队学堂总教习等职责。而徐世昌负责全军的训练和教育工作，是他们的上司，由于袁世凯称徐世昌为兄，其他将领都尊徐为师。

另外，在小站期间，徐世昌还为袁世凯负责处理朝廷下达的旨意等。袁世凯刚到小站几个月，就传出“津门官绅啧有烦言，谓袁君办事操切，嗜杀擅权，不授北洋大臣节制”等言论。1896年4月，清廷因监察御史胡景桂参奏袁世凯“崇尚虚文，营和蚀饷，性情缪妄，扰害一方”等等过错，特派兵部尚书荣禄及兵部侍郎陈燮龙来小站查办。袁世凯获悉自己将被弹劾的消息，内心十分恐惧。因徐世昌与陈为同年会试，又都在朝廷办差，上下周旋，妥为袁世凯开脱，袁世凯得以逃过一劫，使一场弥天大祸消弥于无形，袁世凯对徐世昌感恩不尽，终使该案平息了事。              ▋据《天津日报》