安徽巡抚衙门于康熙元年设在安庆。

咸丰三年（1853年），因太平军攻占安庆，省会迁到庐州（今合肥市），巡抚衙门随迁。同治元年（1862年），巡抚衙门迁回安庆，直到清末。

安徽巡抚衙门无固定的机构设置，也不设官员。衙门内一切保管及办理文牍等事务，皆聘用书吏、承差办理，有时也调用候补佐杂官员及武弁临时充任。

据《清会典》记载，巡抚衙门内有书吏人员30名。这种情形直到清代末年。光绪三十三年（1907年）七月，巡抚冯煦奏准在巡抚衙门内设幕职，佐理文牍，分科治事。具体设置为：秘书1人，助理秘书2人，参事7人，各科精简者则1人兼两科，其繁者酌设助理1人。缮写文牍，稽核卷宗诸事，另设书记员若干人。

衙门里还设有一个会议厅，按日分级会见各级官吏，商议重要政务。宣统元年（1909年），巡抚朱家宝在巡抚衙门内设宪政考核处，处下设编制、审核两科，选派文案委员中谙习法政各员兼司核办。宣统二年，宪政考核处改名为宪政筹备处。清朝末年，属巡抚直接管辖的机构有安徽督练公所和安徽宪政调查局。

安徽督练公所是光绪三十年八月（1904年9月），清政府令各省设立督练公所。光绪三十一年，巡抚诚勋在衙署中增设安徽督练公所。光绪三十三年十一月，巡抚冯煦奏请暂裁督练公所，改为督办处。光绪三十四年七月，又奏请规复，嗣由护理巡抚沈曾植奏明，复设督练公所。

安徽督练公所负责管理全省新旧各军及筹备粮饷、编练队伍一切事宜，以及与军队有关的学堂局所等其他有直接或间接关系的各项事务。

安徽宪政调查局于光绪三十四年（1908年）三月开设，是专门办理清政府宪政编查馆应行调查的一切事件的机构，归安徽巡抚主管。宪政调查局调查所得材料，按类编订，呈由巡抚咨送宪政编查馆。其统计事项，分送各主管部院。宣统三年（1911年），撤宪政调查局，所有事宜，转交巡抚衙门办理。