在担任国际足联秘书长17年之后，布拉特在最终投票中以微弱优势击败竞争对手、时任欧足联主席约翰松，接替卸任的阿维兰热，首次当选国际足联主席。从那时起，有关布拉特大规模行贿的指责声便日嚣尘上，但并未影响布拉特当选。

2001年，作为国际足联市场合作伙伴的瑞士国际运动休闲公司因拖欠1亿多美元债务宣告破产。随后，瑞士政府及国际足联对此事展开调查，发现数名国际足联高管在商业交易中收受价值数千万美元的回扣，但并未将布拉特牵连于此。

尽管来自内部的反对声持续高涨，以及对其行贿受贿的指责声层出不穷，布拉特依然在改选中成功连任，战胜了竞争对手、非足联主席伊萨·哈亚图。

2006年，时任国际足联副主席、特立尼达和多巴哥足联主席杰克·华纳被指控大规模欺诈，通过家族控制的旅游公司转售世界杯门票，从中牟利100万美元。国际足联之后表态称，对华纳的行为“不予赞成”。

尽管欧洲拥有全世界最富有的足球俱乐部和商业价值最高的职业联赛，但是在国际足联竞选中，任何成员国都享有同等权利，布拉特充分利用这一规则扳倒了潜在的竞争对手，凭借在国际足联的巨大优势轻松获得连任，第三次当选为国际足联主席。

2010年，随着对布拉特行贿、财政管理不善以及操纵世界杯主办权的指责日嚣尘上。在此之后，多个国家爆出贿选丑闻。

在国际足联主席竞选开始前数周，国际足联副主席、中北美及加勒比海足联主席杰克·华纳邀请国际足联主席竞选人卡塔尔人哈曼参加会议，结果哈曼私下以4万美金的价格收买成员协会主席的事端遭人败露，黯然退出竞选。于是布拉特在没有竞争对手的情况下再次当选，开始了自己的第四个任期。

2015年，瑞士当局展开拘捕行动，逮捕了包括国际足联高官在内的14名涉嫌贪污的足球官员的体育高管。瑞士和美国警方分别搜获电子档案和文件。

2015年

布拉特击败国际足联副主席、约旦王子阿里·本·侯赛因，连续第5次担任国际足联掌门人。此后，国际足联因数名高官涉嫌贪腐被捕而陷入自成立以来最严重的信任危机。6月2日，布拉特宣布辞去国际足联主席职务。