两入此寺为僧

元顺帝至正四年(1344年)春，淮北大地爆发瘟疫，朱元璋先后丧了父、母、长兄、次兄，仅剩下了两个姐姐。过了不久，大姐近嫁，二姐远嫁。六亲具断的朱元璋因生活所逼，在邻居汪大婶的建议下，那年九月，入村口的於皇寺当了一名沙弥。

因朱元璋不识字，不懂佛法佛经，不能算是一个正式的和尚。只能干着最下等的扫地、涮瓮等体力活。只可惜那年头天灾严重，寺庙入不敷出，方丈在无奈之下，先后打发了几个小沙弥，朱元璋也在其中。

元顺帝至正五年春，朱元璋带着一箬帽、一木鱼、一瓦钵，外出云游，开始了三年的流浪生活。他南下合肥，西向信阳，北到汝州，东及亳州和颖州，三年的艰苦生活，为以后的戎马生活打下了基础。

后来，朱元璋又回到此寺，过了几年的僧侣生活。

赐名显衣锦还乡之意

朱元璋弃僧从戎以后，“继为王，终为帝”，一直没有忘记於皇寺，总想把它修建起来，但又“恐伤民资”。

罢建中都以后，拆中都宫殿，把材料运至寺内，于洪武二十年(1387年)召见原寺僧善杞，议建於皇寺事宜。因“旧寺之基，去皇陵甚近，焚修不便”，故移至现今的地址。新建寺成之后，朱元璋赐名大龙兴寺，命善杞老师为开山住持，用来纪念龙兴之地，也借以表达衣锦还乡的意图。

遭焚毁后重建

龙兴寺建后不满60年，便于正统五年(1440年)焚毁。1459年，拆中都城内中书省衙门500余间，依式重建。以后屡毁屡建。

清末民国时期，战乱频繁，龙兴寺多年失修，破烂不堪。康有为到寺游览，感慨不已，曾作《题朱元璋画像》诗：“坏寺颓垣照夕阳，铜锅石碣甚荒凉。龙颜龙准开皇业，终尽僧房劫可伤。”民国年(1942年)，对寺进行一次维修。

“文革”初期，龙兴寺又惨遭破坏，第一山碑和龙兴寺碑片石无存，铜佛、菩萨、罗汉等塑像粉身碎骨，朱元璋画像、铸像及众多题诗碑刻，字画散失一空，仅存大雄宝殿，东西厢房，六角亭等60余间，龙兴古刹牌楼一座及明代4个铸铜镬、铜钟、铜鼓、明清碑刻等部分文物。